ИДУ возникло в 1996 году как эмигрантская организация, объединившая членов исламистских партий и группировок, запрещенных президентом Узбекистана Каримовым. Политическим лидером ИДУ стал Юлдашев, а главой военного крыла — Джума Ходжиев, с которым Юлдашев сошелся еще на родине, когда участвовал в деятельности военизированной исламистской группировки «Товба». Поначалу ИДУ обозначило своей целью создание исламского государства на территории Ферганской долины.
Не имея возможности развернуться на родине, члены ИДУ прошли боевую школу, вступив в гражданскую войну в соседнем Таджикистане на стороне Объединенной оппозиции. По окончании войны большая часть членов движения, посчитавшая примирение предательством, нашла прибежище в Афганистане у талибов. Как писали афганские и пакистанские газеты, члены ИДУ, многие из которых прибыли с семьями, получили возможность развернуть военные лагеря и продолжить тренировки.
В конце 1999 года большие отряды боевиков вторглись с севера Таджикистана в Киргизию. А летом 2000 года они перешли границу Узбекистана, причем правительственным силам, которые приписали нападение боевикам ИДУ, потребовалось довольно продолжительное время, чтобы отбить атаки.
Впоследствии узбекские власти обвиняли во многих терактах — как совершенных, так и готовящихся — членов ИДУ, однако независимые эксперты критически относились к этой информации, учитывая личную ненависть Каримова к Тахиру Юлдашеву и гонения на всех исламистов в Узбекистане.
В Афганистане люди Юлдашева принимали участие в сопротивлении силам американской коалиции, и во время бомбардировок в 2001 году погиб военный лидер ИДУ Джума Ходжиев. По мере того как деятельность движения удалялась от Узбекистана и ее цели становились более глобальными, от него стали откалываться недовольные такой политикой активисты: так, несколько лет назад от Юлдашева ушла группа «Исламского джихада», которая и взяла на себя ответственность за взрывы 2004 года в Узбекистане (по некоторой информациии, она продолжает базироваться на границе Афганистана и Пакистана, а в ноябре прошлого года ее боевики пытались устроить взрывы в Исламабаде). Около 100 членов ИДУ некоторое время назад и вовсе отказались от деятельности и получили убежище в Иране.
Тем не менее пропагандистские аудио- и видеозаписи ИДУ с призывами пополнять ряды «воинов ислама» и обращения Тахира Юлдашева продолжают пользоваться популярностью в Узбекистане.
Продвижение сил антиталибской коалиции оттеснило членов ИДУ в Южный Вазиристан (Зону племен) — плохо контролируемую территорию, где они, как писала пакистанская пресса, вступили в плотный контакт с «Аль-Каидой». Это вызвало жесткие действия пакистанской армии, которая принялась регулярно утюжить районы их проживания. В конце концов все это, а также попытки обжившихся членов ИДУ вмешиваться в местную жизнь вызвало гнев коренных жителей, поначалу согласившихся их принять.
Что произойдет теперь с оставшимися членами движения, непонятно, но ясно, что в Узбекистан путь им отрезан.
Виталий Пономарев, директор центральноазиатской программы общества «Мемориал», эксперт по исламским движениям Центральной Азии:
— В последние годы в движении произошел раскол, и, насколько известно, там не осталось заметных фигур, кроме Тахира. Люди с лидерскими качествами уходили и организовывали свои группы, так, например, образовалась в 2002 году группа «Исламский джихад». Насколько известно, ее члены упрекали Тахира Юлдашева в отсутствии активных действий на территории Узбекистана. В своих последних выступлениях, распространявшихся в видеозаписях, Юлдашев сместил акценты с Узбекистана в сторону Афганистана и Пакистана. По его мнению, борьба с Каримовым — пройденный этап, и сейчас речь идет об участии в глобальной войне ислама с неверными. Кроме того, о деятельности ИДУ в последние годы было много ложной информации, им приписывали акции, которые совершали отколовшиеся группы.