После ареста партнера Ходорковского Лебедева в июле 2003 года Михаил Касьянов несколько раз спрашивал президента Путина о причинах ареста Лебедева и нападок на ЮКОС. В конце концов, президент Путин рассказал ему, что они (т.е. Ходорковский и другие владельцы ЮКОСа) финансировали не только партии «Яблоко» и СПС, которые Путин разрешал финансировать, но также и коммунистов. А коммунистов спонсировать он не позволял.

В то время не было отдельной оппозиционной партии, которая могла бы представлять серьезную угрозу президенту. Однако, если бы «Яблоко» и СПС создали в Думе коалицию с коммунистами, то они могли бы представлять реальную оппозиционную силу, которая вызвала бы беспокойство Путина.

Позже летом президент Путин также выразил недовольство в адрес Ходорковского в связи с его поездкой по российским регионам, в ходе которой он говорил на политические темы.

Когда Ходорковский был арестован, Касьянову сообщили в Генпрокуратуре, что обвинения были выдвинуты в связи со схемами минимизации налогов, которые использовал ЮКОС. Однако, по мнению правительства Касьянова, все нефтяные компании использовали офшоры таким же образом. И хотя это вступало в противоречие с финансовой и экономической политикой его правительства, противоречия с действовавшим до этого законодательством не было. Таким образом, Касьянов полагал, что закон был применен ретроспективно, что противоречит российскому законодательству и Европейской конвенции по правам человека.

Касьянов также дает комментарии по первому процессу над Ходорковским. Он говорит, что, по его мнению, если бы документы, непосредственно касающиеся схем налоговой оптимизации, применявшихся ЮКОСом, были представлены в суде, содержащаяся в них информация и выводы разрушили бы доводы обвинения по этим пунктам. Он утверждает, что уверен в том, что если бы у ведущих экспертов Министерства финансов и Министерства по налогам и сборам спросили их мнение о соответствии схем налоговой оптимизации ЮКОСа законодательству РФ, то при условии отсутствия политического давления на этих экспертов они бы подтвердили законность этих схем.

Касьянов полагает, что первоначальная причина уголовного преследования Ходорковского по надуманному обвинению заключалась в политической заинтересованности президента Путина и его непосредственного окружения накануне выборов в Госдуму в декабре 2003 года. Желание завладеть активами ЮКОСа возникло позднее. Последующие события, особенно скандальная продажа «Юганскнефтегаза» компании «Байкалфинансгрупп», убедили Касьянова, что с течением времени к политическим мотивам преследования Ходорковского добавилось желание захватить активы ЮКОСа у владельцев компании.

Комментируя «Новой газете» мотивы своего участия как свидетеля в разбирательстве, проводимом Страсбургским судом, Михаил Касьянов заявил: «Политические изменения, которые происходят в стране, неприемлемы, поэтому я считаю необходимым рассказать всю правду о «деле ЮКОСа».