Одной из важных составляющих профессиональной деятельности Станислава Маркелова была защита антифашистов.

В 2007 году он представлял в суде интересы стороны потерпевших в деле об убийстве антифашиста Александра Рюхина. Процесс закончился обвинительным приговором, согласно которому трое неонацистов (Василий Реутский, Андрей Анциферов и Александр Шитов) получили сроки от 4 до 7 лет лишения свободы. Однако обвинялись они по статье «Хулиганство», а настоящие убийцы так и не были найдены.

В 2008 году Маркелов выступил защитником антифашиста Алексея Олесинова, по его мнению, незаконно взятого под стражу за драку с охранником одного из московских клубов. Маркелов утверждал, что драка — лишь формальный повод. На суде ему было представлено постановление о заключении под стражу, в котором первым пунктом обоснования было участие Олесинова в неформальном «антиобщественном» движении «Антифа». Адвокат указывал, что не существует ни одного постановления суда, признававшего бы движение антиобщественным.

Кроме того, Станислав защищал антифашистов в рамках многих дел еще на стадии следствия, большинство из которых не стали достоянием общественности.

Маркелов не раз выступал с пресс-конференциями, во время которых пытался обратить внимание правоохранительных органов и общественности на растущую угрозу со стороны правых экстремистов.

Известно, что адвокат получал в свой адрес угрозы от неонаци. 16 апреля 2004 года в вагоне метро на станции метро «Дмитровская» его избили пятеро молодых людей.

Источник «Новой» в антифашистском движении сообщил, что, возможно, слежка за Маркеловым велась уже 24 ноября 2008 года во время пресс-конференции по делу об аресте Олесинова. «Когда мы вышли из здания Независимого пресс-центра, напротив входа в отдалении стоял человек, одежда которого соответствовала нацистской моде, — рассказывают участники той конференции. — Этого человека никто не знал, и мы подошли к нему с прямым вопросом, не фашист ли он. Ответа не было, но он явно дал нам понять, что в кармане куртки у него есть оружие, скорее всего — нож».

«Новая» располагает фотоснимком этого человека.