23 октября ЕСПЧ постановил, что Россия нарушила статью 6 Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод — «право на справедливое судебное разбирательство», и обязал РФ выплатить в пользу Пичугина 9,5 тысячи евро в качестве компенсации морального вреда и судебных издержек.

Жалоба касалась первого уголовного дела, в рамках которого Пичугина обвиняли в организации убийства супругов Ольги и Сергея Гориных, покушений на Виктора Колесова и Ольгу Костину. В 2005 году Мосгорсуд в составе коллегии присяжных признал Пичугина виновным и приговорил к 20 годам колонии строгого режима.

В жалобе в ЕСПЧ речь среди прочего шла о нарушениях, допущенных в ходе процесса в Мосгорсуде. Как пояснила «Новой» адвокат Пичугина Ксения Костромина, одно из ключевых нарушений, которое признал ЕСПЧ, — столь неоднозначное дело слушалось за закрытыми от общественности и журналистов дверями. Мосгорсуд и гособвинители ссылались на то, что часть материалов носила гриф «Секретно». Неоднократные ходатайства адвокатов Пичугина рассматривать дело в открытом режиме и закрывать процесс лишь на время, когда представители обвинения исследуют документы с грифом «Секретно», — отклонялись. Не повлияла на ситуацию и ПАСЕ, требовавшая сделать суд над Пичугиным открытым. Слушания не открыли. Хотя за весь процесс ни одного документа с грифом «Секретно» исследовано в итоге не было.

«Также ЕСПЧ признал нарушенным то обстоятельство, что Мосгорсуд не дал защитникам возможности проверить перед присяжными показания ключевого свидетеля обвинения Коровникова. Коровников, отвечая на вопросы прокуратуры в суде, естественно, обвинял Алексея во всех убийствах, а когда речь дошла до нас — мы хотели детально расспросить его по всем эпизодам, — он отвечать отказался, а судья сказал, что тот имеет на это право», — рассказала Костромина.

В своей жалобе адвокаты обращали внимание ЕСПЧ и на нарушение статьи 3 — «запрещение пыток». По словам Пичугина, 14 июля 2003 года в СИЗО ФСБ «Лефортово» во время «разведдопроса» к нему применяли психотропы — так называемую «сыворотку правды»; ЕСПЧ этот момент рассматривать не стал. Также адвокаты указывали на нарушение статьи 5 — «право на свободу и личную неприкосновенность» (это нарушение ЕСПЧ признал частично, речь шла о продлениях ареста Пичугина).

В 2007 году защита Пичугина подала в Страсбург еще одну жалобу. Она касалась нарушений, допущенных в рамках второго процесса над их клиентом, по итогам которого его признали виновным в организации убийств мэра Нефтеюганска Владимира Петухова и директора фирмы «Феникс» Валентины Корнеевой, а также организации покушений на управляющего австрийской компании «Ист Петролеум Ханделс» Евгения Рыбина и приговорили к пожизненному заключению. Жалобу по этому делу еще ожидает своей коммуникации.