Несмотря на то, что большая часть действия романа «Лавр» происходит в Древней Руси (XVвек), историческим романом в собственном смысле этот текст не является. В центре повествования находятся не исторические события, а судьба частного человека, средневекового врача Арсения. Имена героя в силу обстоятельств меняются, и последним из них является Лавр (его имя в схиме). Возлюбленная Арсения Устина, по его вине лишенная помощи при родах, гибнет. То, что Устина для Арсения дороже жизни, определяет его решение прожить свою жизнь как бы вместо нее. С тех пор жизнь его, как жизнь всякого имеющего сверхзадачу, превращается в житие и сюжетно строится по житийным канонам. Стоит особо отметить, что при создании романа были использованы десятки средневековых житий и сказаний.

Арсений выхаживает чумных, лечит раненых и без устали выполняет лекарскую работу, успех которой в Средневековье определялся не столько общим уровнем медицины (он был низок), сколько даром врача. Чем больше Арсений жертвует собой, тем очевиднее крепнет его дар. Хорошее владение ремеслом сменяется чем-то большим: лечение уступает место исцелению. Странствуя и исцеляя людей, Арсений рассказывает обо всех событиях умершей Устине. Несмотря на то, что Устина не отвечает, происходящее между ними Арсений рассматривает как беседу, будучи убежден, что молчание — не значит отсутствие. Этот диалог ведется на протяжении всего романа.

Роман состоит из четырех частей (книг). «Книга познания» посвящена становлению Арсения и его встрече с Устиной. «Книга отречения» повествует о поисках героем себя-другого, это время его юродства. В «Книге пути» описано путешествие Арсения в Иерусалим. Наконец, в «Книге покоя» — период отшельничества героя и его смерть. Глубоким стариком он встречает молодую женщину, у которой по необходимости принимает роды, и этим событием оканчивается его долгая беседа с Устиной.

«Лавр» — роман о любви в самом глубоком ее понимании. Но в той же степени это и роман о времени. Точнее — об отсутствии времени, его преодолимости через приобщение к вечности. Время романа — мерцающее, его ход постоянно прерывается «врезками» из других времен. «Разрушению» времени способствует также смешение древнерусской и современной языковых стихий. Это подводит к третьему возможному определению представляемого текста. Это — роман о языке.

С тех пор время Арсения окончательно пошло по-другому. Точнее, оно просто перестало двигаться и пребывало в покое. Арсений видел происходящие на свете события, но отмечал и то, что они странным образом разошлись со временем и больше от времени не зависели. Иногда они двигались одно за другим, как и прежде, иногда принимали обратный порядок. Реже — наступали без всякого порядка, бессовестно путая очередность. И время не могло с ними справиться. Руководить такими событиями оно отказывалось.

Тут выяснилось, что события не всегда протекают во времени, сказал Арсений Устине. Порой они протекают сами по себе. Вынутые из времени. Тебе-то, любовь моя, это хорошо известно, а я вот сталкиваюсь с этим впервые.

Арсений наблюдает, как тает весенний снег и мутные воды по пробитому сестрами желобу стекают в реку Великую. Каждую весну сестры этот желоб чистят, потому что осенью он забивается листьями — дубовыми и кленовыми. Эти листья ветер наметает и в дом Арсения, и Арсений не отвергает такой перины, поскольку рассматривает ее как нерукотворную.

Арсений видит, как после ночного дождя выглядывает раннее июньское солнце. Вода все еще дрожит на листьях. Отделяется облачками пара от купола Иоанна Предтечи и исчезает в неправдоподобно синем небе. Облокотясь на метлу, за испарением воды наблюдает сестра Пульхерия. Теплый ветер касается пшеничной пряди ее волос, выбившейся из-под плата. Сестра Пульхерия задумчиво расчесывает родинку и умирает от заражения крови. Она лежит в свежей могиле в нескольких саженях от дома Арсения. Ее могилу заносит снегом.

В разгар листопада к Арсению подходит настоятельница. Она говорит:

— Приспе время еже преставитися ми от суетнаго мира сего к нестареемому вечному пребыванию. Благослови мя, Устине.

Листья с шорохом скользят по ее облачению. Арсений благословляет настоятельницу.

Нет у меня такого права — благословлять, говорит он при этом Устине. Так что, любовь моя, делаю это не по праву, но по дерзости, поскольку жена сия об этом просит. Между тем путь ее действительно далек, и она об этом знает.

Настоятельница умирает.

Жарким летним днем у храма Иоанна Предтечи, облокотясь на метлу, стоит сестра Агафья. Она смотрит на купол храма, и рука ее тянется к родинке на лице. На полпути руку сестры Агафьи останавливает рука Арсения. Он успел вовремя.

Будет жить, — думает, удаляясь, Арсений.

Твердой походкойон идет в дом к иерею Иоанну. Рывком распахивает дверь. За Арсением врывается шершавый язык стужи. Иерей Иоанн и его семья сидят за столом. Жена иерея готовится подавать на стол. Она вглядывается в мутное окно, за которым нет ничего, кроме снега. Иерей Иоанн смотрит перед собой, как бы пытаясь высмотреть грядущую свою судьбу. Попадья делает беззвучный жест, приглашая Арсения разделить с ними трапезу. Жест отделяется от попадьи и вылетает в открывшуюся дверь. Арсений его не замечает. Дети вжимаются в лавку и устремляют взор на свои руки, лежащие на коленях. Пальцы теребят грубое полотно рубах. Арсений для них подобен шаровой молнии, виденной однажды их отцом. Отец учил их, что когда влетает шаровая молния, лучше не двигаться и не выдавать себя. Выдохнуть и замереть. Они замирают. Арсений хватает со стола нож и бросается к иерею Иоанну. Иерей Иоанн продолжает смотреть перед собой и как бы не замечает Арсения. На самом же деле он все видит, но сопротивляться судьбе не считает нужным. Арсений машет ножом у самого лица иерея Иоанна. Иерей по-прежнему не двигается и думает, возможно, о шаровой молнии. О том, что она его все-таки обнаружила. Арсений бросает нож на пол и выбегает из избы. Иерей Иоанн не испытывает облегчения. Он понимает, что произошедшее — это предсказание. Это только зарница, и он ждет прихода молнии. И догадывается, что на этот раз разминуться с ней будет непросто.

Арсений идет по Запсковью, и его подстерегают мальчишки. Они валят его на доски мостовой. Несколько пар рук прижимают его к доскам, хотя он не сопротивляется. Тот, чьи руки остались свободными, прибивает края Арсениевой рубахи к доскам. Арсений смотрит, как смеются мальчишки, и тоже смеется. Всякий раз, когда мальчишки прибивают его рубаху к мостовой, он смеется вместе с ними. И беззвучно просит, чтобы Бог не поставил им этого в вину. Он мог бы аккуратно оторвать рубаху от гвоздей, но не делает этого. Арсений хочет сделать мальчишкам приятное. Он резко встает, и подол его рубахи с треском отрывается. Мальчишки катаются от хохота по земле. Оставшийся день Арсений ищет среди мусора лоскуты и пришивает их вместо оторванного подола. Увидев новые лоскуты на его рубахе, мальчишки смеются еще больше.

Когда они убегают, становится тихо. Остается лишь один мальчик, который подходит к Арсению и обнимает его. И плачет. Арсений знает, что этот мальчик его жалеет, но стыдится показать это перед всеми, и у Арсения сжимается сердце. Ему хочется, чтобы этот ребенок радовался, потому что в его чертах он узнает черты другого ребенка. И Арсений плачет. Он целует мальчика в лоб и убегает, потому что сердце его готово разорваться. Арсений захлебывается от рыданий. Он бежит, и рыдания сотрясают его, и слезы летят с его щек в разные стороны, прорастая на обочинах разными неброскими растениями.

По весне река Великая поднимается, и кое-где всплывают деревянные мостовые. В Запсковье грязь. По дороге к дому ее месит иерей Иоанн. Жирное чавканье грязи он слышит у себя за спиной. Медленно оборачивается. Перед ним стоит человек с ножом, весь в грязи. Иерей Иоанн молча прижимает руку к груди. В голове его мелькает воспоминание о предвидении Арсения. В сердце его звучит молитва, которую он не успевает произнести. Человек наносит ему двадцать три ножевых удара. При каждом замахе он кряхтит и стонет от натуги. Иерей Иоанн остается лежать в грязи. Там же теряются следы человека. Говорят, что будто бы и человека не было, а был лишь всплеск грязи. Взметнувшийся за спиной иерея Иоанна и тут же растекшийся по дороге. Через малое время раздается нечеловеческий крик. Он перелетает через реку Великую и реку Пскову, распространяясь над всем городом Псковом. Это кричит попадья.

К Арсению приезжает посадник Гавриил со свитой. Он привозит ему дорогие одежды и просит Арсения в них облачиться. Арсений облачается. Ему и посаднику Гавриилу подносят по чаше фряжского вина. Посадник пьет, Арсений же кланяется и, повернувшись к северо-востоку, медленно выливает свою чашу на землю. Струя вина, образуя при падении спираль, сверкает полированными гранями. Драгоценная влага жадно впитывается травой. Солнце стоит в зените. Посадник Гавриил хмурится.

— Неужели же ты не понимаешь, — спрашивает посадника юродивый Фома, — почему раб Божий Устин вылил на северо-восток твое вино?

Посадник не понимает и даже не склонен этого скрывать.

— Да ты, человече, — говорит юродивый Фома, — попросту не в курсе того, что в Великом Новгороде днесь пожар, и раб Божий Устин стремится залить его подручными средствами.

Посадник Гавриил посылает своих людей в Великий Новгород, чтобы достоверно узнать о происходящем. Вернувшись, люди докладывают посаднику Гавриилу, что утром означенного дня в Новгороде и в самом деле разгорелся сильнейший пожар, но около полудня неведомою новгородцам силою угас. Посадник ничего не отвечает. Он делает пришедшим знак выйти, и они, кланяясь, уходят. Посадник возжигает лампаду. До стоящих за дверями доносятся глухие слова его молитвы.

Мало-помалу слава о врачевательном даре Арсения разносится по всему Пскову. К нему приходят люди с самыми разными болезнями и просят дать им облегчение. Глядя в голубые глаза юродивого, они рассказывают ему о себе. Они чувствуют, как в этих глазах тонут их беды. Арсений ничего не говорит и даже не кивает. Он внимательно их выслушивает. Им кажется, что его внимание особое, ибо тот, кто отказывается от речи, выражает себя через слух.

Иногда Арсений дает им травы. Сестра Агафья, порывшись в его мешке, находит соответствующую грамоту Христофора и зачитывает больному вслух. Получившему траву куколь предписывается варить ее в воде с корением: вытянет гной из ушей. Покусанному пчелами выдают траву пырей и велят натереться. Арсений молча внимает чтению сестры Агафьи, хотя значение предлагаемых трав переоценивать не склонен. Врачебный опыт подсказывает ему, что медикаменты в лечении — не главное.

Арсений помогает не всем. Чувствуя свое бессилие помочь, он выслушивает больного и отворачивается от него. Иногда прижимается лбом к его лбу, и из глаз его текут слезы. Он делит с больным его боль и в какой-то степени смерть. Арсений понимает, что с уходом больного мир не останется прежним, и сердце его наполняется скорбью.

Если бы был во мне свет, я исцелил бы его, — говорит Арсений о таком больном Устине. — Но я не могу его исцелить по тяжести грехов моих. Это грехи не дают мне подняться на ту высоту, где лежит спасение этого человека. Я, любовь моя, виновник его смерти и оттого плачу о его уходе и о своих грехах.

Но и те больные, которых Арсений не может вылечить, чувствуют благотворность общения с ним. После встреч с Арсением боль, как им кажется, становится меньше, а вместе с ней уменьшается и страх. Неисцелимые видят в нем того, кто способен понять глубину страдания, ибо в исследовании боли он опускается до самого ее дна.